Η δεύτερη και τελική φάση εφαρμογής του ΓεΣΥ περιλαμβάνει όλες τις υπόλοιπες υπηρεσίες φροντίδας υγείας, δηλαδή την ενδονοσοκομειακή φροντίδα υγείας, τη φροντίδα υγείας από άλλους επαγγελματίες υγείας (κλινικούς διαιτολόγους, εργοθεραπευτές, λογοπαθολόγους, φυσιοθεραπευτές και κλινικούς ψυχολόγους), νοσηλευτές και μαίες, τα Τμήματα Ατυχημάτων & Επειγόντων Περιστατικών, τις υπηρεσίες ασθενοφόρων, τους οδοντιάτρους, την ανακουφιστική φροντίδα υγείας και την ιατρική αποκατάσταση από την 1η Ιουνίου 2020.
Λόγω των οικονομικών και άλλων επιπτώσεων της πανδημίας στη χώρα μας, από την 1η Ιουνίου 2020, εντάσσεται στο ΓεΣΥ η ενδονοσοκομειακή φροντίδα υγείας από νοσηλευτήρια που θα συνάψουν σχετική σύμβαση με τον Οργανισμό, ενώ οι υπόλοιπες υπηρεσίες που αφορούν στη 2η φάση του ΓεΣΥ θα ενταχθούν σε μεταγενέστερο στάδιο που θα ανακοινωθεί από τον Οργανισμό.
Οι εισφορές για την πρώτη φάση άρχισαν να συλλέγονται από την 1η Μαρτίου του 2019 ενώ για την πλήρη εφαρμογή του ΓεΣΥ από την 1η Μαρτίου του 2020. Λόγω της πανδημίας του Covid-19, τα ποσοστά εισφορών παρέμειναν για περιοδο 3 μηνών στα ίδια επίπεδα όπως ήταν πριν τον Μάρτιο του 2020.