Η οργανωτική δομή του Οργανισμού Ασφάλισης Υγείας στην πλήρη της ανάπτυξη θα αποτελείται από πέντε (5) Διευθύνσεις και τρία (3) Τμήματα. Το ανώτατο εκτελεστικό στέλεχος του Οργανισμού είναι ο Γενικός Διευθυντής. Συνολικά, το οργανόγραμμα προβλέπει (εκατόν δέκα τρεις) 113 μόνιμες θέσεις εργασίας.