Η βασική μέθοδος αμοιβής των παροχέων υπηρεσιών φροντίδας υγείας στα πλαίσια του ΓεΣΥ είναι η αμοιβή ανά παρεχόμενη υπηρεσία φροντίδας υγείας (fee for service), ενώ θα εφαρμοστούν και άλλες μέθοδοι αμοιβής για συγκεκριμένες κατηγορίες παροχέων, όπως εξηγείται πιο κάτω: